Offre de stage : Visualisation d’organoïdes par une méthode de contraste de phase en visible et en SWIR
Organization: CEA
Position Information:
Le Laboratoire des Systèmes d’Imagerie pour le Vivant (LSIV) du CEA Leti propose un stage en instrumentation pour la microscopie.
Résumé :
Dans ce stage nous nous proposons de mettre en place une technique de microscopie pour imager des organoïdes. Les organoïdes sont des modèles biologiques in-vitro dont le but est de reproduire le fonctionnement normal ou pathologique des tissus. L’étude portera sur des acinis et des réseaux vasculaires. Ces échantillons sont tridimensionnels et ont une taille typique de quelques centaines de microns. Nous souhaitons pouvoir imager à l’intérieur du volume de l’échantillon et en temps réel. Pour cela nous emploierons la technique dite de contraste de phase différentiel (Differential Phase Contrast, DPC). Le travail attendu dans ce stage est essentiellement de nature instrumentale sur banc d’optique, en incluant le pilotage logiciel, et dans une moindre mesure de traitement des images obtenues. Il consistera dans un premier temps à prendre en main un microscope existant dans le laboratoire, et à y apporter quelques modifications mineures pour y ajouter le DPC. Ce microscope fonctionne actuellement dans le visible. Un deuxième montage DPC sera ensuite réalisé, cette fois-ci pour imager aux longueurs d’onde SWIR (Short Wave InfraRed). Une tâche importante sera la mise au point d’un système d’illumination dynamique SWIR à partir d’un pico projecteur qui sera démonté et modifié selon les besoins du stage. Le pilotage de ces systèmes devra permettre d’imager en temps réel. Les deux systèmes ainsi réalisés seront appliqués sur organoïdes et comparés, notamment en ce qui concerne la profondeur d’imagerie.
Laboratoire d’accueil :
Le Laboratoire des Systèmes d’Imagerie pour le Vivant (LSIV) du CEA Leti adresse des problématiques en biologie et en santé en s’appuyant sur des techniques optiques d’imagerie et de spectroscopie. Dans le domaine de l’imagerie le LSIV conçoit des microscopes holographiques très compacts et une chaine de traitement numérique des images allant de la reconstruction par des approches de problème inverse jusqu’à l’analyse des images par des techniques conventionnelles ou par apprentissage profond. C’est dans ce contexte que le LSIV propose un stage en instrumentation sur la mise en place d’un nouveau mode d’imagerie dans le laboratoire, le DPC.
Profil du candidat :
Ce stage s’adresse à un étudiant avec une formation de niveau Master en optique, électronique, ou équivalent, avec une solide connaissance des systèmes optoélectroniques. Une expérience pratique sur banc d’optique, et un goût pour l’expérimentation avec les systèmes optoélectronique sont recommandés. Enfin un attrait pour les applications en biologie-santé est attendu.
Lieu : Grenoble.
Date de début : à partir de 02/2023.
Durée : 6 mois.
Contact : Jean-Charles Baritaux (jean-charles.baritaux@cea.fr)