Concours externe CNRS – Ingénieur.e d’étude – Challenges FBI
Organization: France-BioImaging
Position Information:
France-BioImaging, infrastructure nationale de recherche en biologie et santé dédiée à la bioimagerie, recrute un.e ingénieur.e d’étude pour la gestion des Challenges FBI (compétition de machine learning).
Le poste est rattaché au nœud transverse “Image Processing and Data Management” et basé à Montpellier où il sera intégré dans le Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM,UMR5506 CNRS/Université de Montpellier).
En parallèle de ces missions, 20% du temps de travail sera dédié à des actions locales au sein de LIRMM et à l’Institut de Science des Données de Montpellier (ISDM).
Activités principales
Participation à la conception et pilotage de challenges scientifiques, d’activités de recherches de grande qualité:
- Participer à la définition des thématiques des challenges en lien avec la communauté (chercheurs et ingénieurs des plateformes, laboratoires, développeurs IA)
- Formaliser et organiser les objectifs scientifiques, les spécifications des données et les critères d’évaluation
- Mobiliser la communauté pour la production de données
- Élaborer les protocoles d’acquisition, formuler des requêtes d’études détaillées des données collectées et organisées
Construction du plan et gestion de bases de données FAIR:
- Coordonner la collecte, le contrôle qualité (méthodes et normes appliquées), l’annotation, la standardisation des images et métadonnées
- Structurer les jeux de données en conformité avec les principes FAIR
- Assurer la maintenance et l’évolution des bases de données
Développement et administration des plateformes associées:
- Mettre en place les outils pour l’organisation des challenges (sites web, interfaces de soumission, plateformes d’évaluation)
- Administrer les systèmes d’information liés à la diffusion et à la gestion des données (base de données, API, hébergement)
- Garantir la sécurité, la fiabilité, l’accessibilité des services mis en ligne
Animation et mobilisation de la communauté:
- Solliciter activement les plateformes pour la contribution de données
- Organiser des réunions, sessions d’information ou webinaires
- Promouvoir les challenges: réseaux sociaux, conférences…
Support technique et accompagnement des utilisateurs:
- Répondre aux questions techniques, assurer le support
- Garantir une expérience utilisateur fluide tout au long du challenge: de l’inscription aux résultats
Analyse des résultats et valorisation scientifique:
- Analyser les performances des méthodes, établir des classements, synthèses comparatives
- Participer à la rédaction d’articles scientifiques
- Assurer le dépôt des données et publications
Profil attendu
Savoirs:
- Solide culture en gestion et structuration des données scientifiques (data
stewardship, bases de données, métadonnées) - Maîtrise des principes FAIR et de leur implémentation dans un contexte
scientifique - Bonnes connaissances théoriques et pratiques en apprentissage profond appliqué à
l’analyse d’images - Bonne compréhension des enjeux spécifiques à l’imagerie en biologie
(variabilité, variété, volumétrie, annotation, etc.)
Savoirs faire:
- Maîtrise de Python (numpy, pandas, pytorch/tensorflow, etc.)
- Connaissance du développement d’interfaces utilisateurs (Javascript, HTML,
frameworks web) - Compétences en gestion de projets collaboratifs (organisation, priorisation,
coordination). - Capacité à vulgariser des notions complexes et à faire le lien entre communautés
scientifiques diverses
Savoir-être:
- Autonomie, rigueur, sens de l’initiative
- Excellentes qualités relationnelles, capacités d’écoute et d’animation de communauté
- Appétence pour le travail en équipe dans un environnement pluridisciplinaire
- Sens du service public et engagement dans les actions de mutualisation et de diffusion
Informations générales
Emploi-type: Administratrice ou administrateur de bases de données / Intégrateur d’applications
Affectation: UAR France-BioImaging core, PARIS
Groupe de fonction: Groupe 2
Localisation: LIRRM, Montpellier
Pour candidater: https://carrieres.cnrs.fr/concours-externes-des-ingenieurs-et-techniciens-h-f/ et choisir le concours n°131
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