Alors que les volumes et la complexité des données augmentent de manière sans précédent, leur suivi et partage devient de plus en plus un défi pour la communauté de la recherche en science de la vie (biologie, biomédicale…). Ce manque de traçabilité a un impact négatif reconnu sur la réutilisation des données publiées.
C’est pourquoi il est important de rendre les données « FAIR » – faciles à trouver, accessibles, interopérables, réutilisables – dès la conception des projets de recherche.

OMERO est la solution intégrée de référence pour gérer les données d’images pendant toute leur durée de vie, de l’acquisition à la publication.

Le RT-mfm du CNRS organise cette ANF avec la collaboration de France BioImaging et le EMBRC. Cette ANF est orientée vers les ingénieurs en plateforme d’imagerie et similaires. Elle a pour objectifs de former les stagiaires à la gestion FAIR de données au travers la base de données OMERO comme outil principal de gestion de données pour la microscopie et pendant tout le cycle de vie de la donnée : de l’acquisition à la publication. 

A l’issue de la formation les stagiaires seront capables de :
    • Comprendre les principes FAIR et leur application dans la pratique
    • Comprendre les enjeux et objectifs d’un Plan de Gestion de Données.
    • Connaître les schémas de mise en place d’une infrastructure OMERO avec les différents scenarios de déploiement
    • Savoir administrer les politiques d’accès selon les différentes configurations de groupes
    • Importer des images dans OMERO
    • Être capable de décrire les images avec des métadonnées riches
    • Analyser les données sur OMERO et sauver les résultats sur OMERO en association avec les données source
    • Annoter les images en masse à partir de tableaux
    • Chercher des images en fonction des différentes métadonnées
    • Être capable de créer des figures avec OMERO-figure

    • Apprendre les options d’interfaçage avec différents logiciels (ImageJ, Napari, CellProfiler, QPath,…)
    • Publier les données