Skip to content
.
  • About
    • Governance
    • Work Packages
    • International activities
    • Activity Report 2020
    • Communication support pack
  • Nodes
  • Services
  • Access
  • News
    • FBI Newsletter
  • Applications
  • Training
    • FBI-AT 2022
      • FBI-AT 2022 – Description
      • FBI-AT 2022 – Programme
      • FBI-AT 2022 – Registration
      • FBI-AT 2022 – Venue
  • Jobs
  • Contact us
Login
Register
Close

Job offer

@ France BioImaging RI

↓ Download Complete Presentation
Filter jobs by
Type
  • PhD
  • Post-doc
  • Scientist
  • Master
Field
  • Super Resolution Microscopy
  • Functional Imaging
  • Electron Microscopy
  • Correlative Light Electron Microscopy (CLEM)
  • New Contrast & In-Depth Imaging
  • High Throughput & High Content Screening
  • Probe Development, Optomanipulation...
  • BioImage informatics
  • Image Processing and Data Management
  • Training, Education
  • Dissemination & Technological Transfer

Ingénieur d’étude en gestion des données images de microscopie pour l’infrastructure nationale France-Bioimaging – CDD 12 mois

Organization: France BioImaging RI

Location: 8 Quai Moncousu, 44000 Nantes, France
Send CV, publications, summary and references to:
Perrine Paul-Gilloteaux at perrine.paul-gilloteaux@france-bioimaging.org

Position Information:

Corps : Ingénieur d‘étude BAP : E-Informatique, statistiques et calcul scientifique

Emploi type : Ingénierie logicielle

Cet emploi nécessite des compétences interdisciplinaires.

Quotité : Temps plein

Date de début de contrat: 2ème semestre 2021

Contact : perrine.paul-gilloteaux@france-bioimaging.org

Description du contexte :

L’IR France-BioImaging est une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d’imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie, dans 6 nœuds géographiques et un nœud transverse transverse “Image Processing and Data Management”.

L’infrastructure, en lien avec les responsables du nœud transverse “Image Processing and Data Management” a défini son plan de gestion de données, reposant sur la mise en place coordonnée de base de données images sur les data centres. L’IR France-BioImaging a ainsi défini une stratégie de renforcement pluriannuelle des demandes RH en gestion et analyse des données images.

L’agent sera localisé sur le nœud Bretagne-Loire et basé à Nantes. Des déplacements réguliers (mensuels) dans les différents nœuds (Paris, Paris Sud, Bordeaux, Montpellier, Marseille, et les plateformes Rennaises du nœud Bretagne Loire) sont à prévoir.

Description des missions :

– Participer à la mise en place le projet ” DATA”  de l’infrastructure de recherche France BioImaging (IR FBI), sous la supervision d’1 IRHC CNRS (0.2 ETPT) et avec un groupe de travail distribué dans les différents nœuds, pour la gestion des images produites par les utilisateurs de l’infrastructure.

– Proposer et former sur l’organisation les données issues de microscopies variées et avancées (Base de Métadonnées ; Ontologies…) en cohérence avec les initiatives européennes d’archivage de données image (Bioimage Archive, IDR, EMPIAR)

Description des activités :

–   Déployer et configurer sur l’ensemble des nœuds  de France-BioImaging des outils de gestion d’images (OMERO par défaut) sur les data centres associés, avec le support d’un ingénieur d’étude système et réseaux et des référents informatiques des nœuds de France-BioImaging.

– Être l’interlocuteur support des équipes de biologistes utilisatrices de l’IR FBI sur des projets nécessitant gestion, traitement et analyse d’images.

– Mettre en place et assurer le suivi des versions de la base de données déployées, et centraliser les outils disponibles.

– Animer et documenter les retours utilisateurs et des personnels de plateforme par différents canaux (newsletter, site web, sondage) et proposer des améliorations.

– Coupler ces outils de gestion des images à des outils d’analyse en adaptant des scripts existants pour qu’ils puissent être lancés en client de la base de données.

– Assurer une veille technologique poussée dans le domaine des BdD et des technologies IT

– Mettre en place et animer un réseau de référents data dans les différents nœuds de l’infrastructure.

– Former les référents de chaque nœud à l’utilisation et l’administration locale, et aux bonnes pratiques d’organisation des projets.

-Travailler avec les autres infrastructures nationales collaborant avec FBI sur les questions communes de gestion et d’analyse d’image (IFB, CELPHEDIA, FLI, EMBRC.fr).

Compétences attendues :

– Connaissances générales en biologie

– Connaissances générales en imagerie.

– Expérience en analyse d’images biologiques et connaissance de certains des outils logiciels disponibles en traitement d’image biologique (Image J/FiJI, Cell Cognition, Icy, Ilastik..) ; l’analyse d’images médicales et/ou l’expérience des méthodes d’apprentissage profond est en bonus.

– Connaissance d’au moins un logiciel de gestion de données images (exemple OMERO) ou des architectures client-serveur.

– Connaissance des protocoles de transfert de données et des technologies de stockage, suffisante pour collaborer avec les services informatiques des nœuds et l’Institut Français de Bioinformatique notre partenaire.

– Connaissance approfondie d’au moins un langage de programmation Java ou Python

– Savoir analyser les besoins, avec des éléments de langage “communs” et proposer des solutions

– Être en mesure de présenter ses travaux au sein de l’IR et à l’extérieur (capacité de présentation orale et de rédaction)

– Capacité pédagogique requise, une expérience du travail interdisciplinaire serait un plus.

– Anglais Courant (oral et écrit)

Diplôme :

Titulaire d’un M2 bio-informatique ou équivalent : double compétence biologie et informatique, ou équivalent par les stages.

Location

↞ Previous

Ingénieur.e / Développeur.se d’outils de maillage 3D

Next ↠

Ingénieur(e) de Recherche en Informatique des données : mise en place d’une infrastructure de gestion, d’analyse et d’annotation de données massives d’imageries en biologie
Find us on Twitter Subscribe to our newsletter Connect on LinkedIn
Privacy Policy | Contact Us
Credits | Designed by Yhello
Close
Designed by Yhello
contact
Yhello is a digital creation agency based in Paris, created by former scientists passionate about the web.
We use cookies on our website to give you the most relevant experience by remembering your preferences and repeat visits. By clicking “Accept All”, you consent to the use of ALL the cookies. However, you may visit "Cookie Settings" to provide a controlled consent.
Cookie SettingsAccept All
Manage consent

Privacy Overview

This website uses cookies to improve your experience while you navigate through the website. Out of these, the cookies that are categorized as necessary are stored on your browser as they are essential for the working of basic functionalities of the website. We also use third-party cookies that help us analyze and understand how you use this website. These cookies will be stored in your browser only with your consent. You also have the option to opt-out of these cookies. But opting out of some of these cookies may affect your browsing experience.
Necessary
Always Enabled
Necessary cookies are absolutely essential for the website to function properly. These cookies ensure basic functionalities and security features of the website, anonymously.
CookieDurationDescription
cookielawinfo-checkbox-analytics11 monthsThis cookie is set by GDPR Cookie Consent plugin. The cookie is used to store the user consent for the cookies in the category "Analytics".
cookielawinfo-checkbox-functional11 monthsThe cookie is set by GDPR cookie consent to record the user consent for the cookies in the category "Functional".
cookielawinfo-checkbox-necessary11 monthsThis cookie is set by GDPR Cookie Consent plugin. The cookies is used to store the user consent for the cookies in the category "Necessary".
cookielawinfo-checkbox-others11 monthsThis cookie is set by GDPR Cookie Consent plugin. The cookie is used to store the user consent for the cookies in the category "Other.
cookielawinfo-checkbox-performance11 monthsThis cookie is set by GDPR Cookie Consent plugin. The cookie is used to store the user consent for the cookies in the category "Performance".
viewed_cookie_policy11 monthsThe cookie is set by the GDPR Cookie Consent plugin and is used to store whether or not user has consented to the use of cookies. It does not store any personal data.
Functional
Functional cookies help to perform certain functionalities like sharing the content of the website on social media platforms, collect feedbacks, and other third-party features.
Performance
Performance cookies are used to understand and analyze the key performance indexes of the website which helps in delivering a better user experience for the visitors.
Analytics
Analytical cookies are used to understand how visitors interact with the website. These cookies help provide information on metrics the number of visitors, bounce rate, traffic source, etc.
Advertisement
Advertisement cookies are used to provide visitors with relevant ads and marketing campaigns. These cookies track visitors across websites and collect information to provide customized ads.
Others
Other uncategorized cookies are those that are being analyzed and have not been classified into a category as yet.
SAVE & ACCEPT