Ingénieur en développement logiciels pour l’analyse d’images biologiques

Organization: France-BioImaging

Position Information:

Date Limite Candidature : lundi 19 juin 2023

Informations générales

Intitulé de l’offre : Ingénieur en développement logiciels pour l’analyse d’images biologiques (H/F)
Référence : UMR144-FRAPER1-003
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS
Date de publication : lundi 29 mai 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d’embauche prévue : 10 juillet 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 356 € et 2 636 €
Niveau d’études souhaité : Niveau 6 – (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Ingénieur-e en calcul scientifique

Missions

• Implémenter des algorithmes d’analyse d’images pour les rendre disponibles à l’ensemble de la communauté FBI (France BioImaging), y compris l’utilisateur final, au sein de logiciels largement utilisées.
• Valider les outils développés, en les déployant sur des projets spécifiques.
• Assurer la diffusion de ces nouveaux outils : formation & documentation, rendre les outils accessibles et utilisables par la communauté.
• Collaborer avec les analystes de France-BioImaging pour développer/construire des outils utiles et faciles à utiliser pour traiter les données multidimensionnelles de microscopie de fluorescence.
• Contribuer et aider à définir les activités de F-BIAS : réunions mensuelles, échanges technologiques, open-desks avec les utilisateurs.

Activités

• Analyser et identifier les besoins en analyse d’images de la communauté France BioImaging
• Développer, implémenter, tester des plugins/codes/macros dans des logiciels généralistes
• Contribuer et aider à définir les activités de F-BIAS

Compétences

• Compétences en programmation (Python ou Java).
• Bonnes pratiques en développement logiciel.
• Une expérience en machine/deep learning pour l’analyse d’images est un plus.
• Une connaissance des principaux progiciels scientifiques open source utilisés dans l’analyse d’images biologiques (Fiji/ImageJ, Icy, Napari, BioImageIT) est appréciée.
• Capacité à développer et/ou mettre en œuvre, de manière autonome, des outils faciles à utiliser, avec un manuel/tutoriel détaillé.
• Capacité à collaborer/discuter avec une équipe, en particulier avec les autres analystes, et à interagir avec l’ensemble de la communauté (nationale) membre de France BioImaging afin de comprendre et répondre au mieux à leurs besoins.
• Langue anglaise entre le niveau B1 à B2

Contexte de travail

France-BioImaging (FBI) est une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d’imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie, dans 8 nœuds locaux et un nœud transversal “Traitement d’images et gestion des données”. L’infrastructure a défini un plan d’action visant à développer de nouveaux outils d’analyse d’image, en particulier ceux fondés sur l’apprentissage profond. L’ingénieur travaillera dans ce cadre, au sein d’une équipe de ~10 ingénieurs FBI, qui mettront en œuvre l’ensemble du projet ‘DATA’ de France-BioImaging. L’ingénieur sera localisé à Paris et sera sous la supervision directe de Anne-Sophie Macé, ingénieure de recherche en analyse d’image à l’institut Curie. Il/elle travaillera également en étroite collaboration avec un ingénieur localisé à Montpellier développant des défis en analyse d’image.