Ingénieur(e) en analyse d’images de microscopie, responsable de service
Informations générales
Intitulé de l’offre : Ingénieur(e) en analyse d’images de microscopie, responsable de service
Référence : UAR3556-PERGIL-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : NANTES
Date de publication : mardi 9 janvier 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 9 mois
Date d’embauche prévue : 1 mars 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : de 2 810€ à 3 423€ bruts mensuels, selon expérience
Niveau d’études souhaité : Niveau 7 – (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Expert-e en calcul scientifique
Missions
La personne recrutée prendra la responsabilité du service d’analyse d’image en lien avec les autres services de la plateforme d’imagerie biologique. Elle prend en charge les projets en analyse d’image des utilisateurs de la plateforme MicroPICell. Elle conseille et forme les utilisteurs. Elle conduit et développe en spécialiste les méthodes de traitements et d’analyse adaptées au type d’image et à l’étude souhaitée. Ce contrat est renouvelable.
Activités
– Piloter des projets techniques qui concourent par des méthodes de calcul à la résolution d’une problématique scientifique en imagerie biologique dans ses dimensions techniques, humaines et administratives
– Mettre en œuvre des méthodes d’analyse mathématiques de traitement du signal et de traitement d’image pour répondre aux besoins de recherche des utilisateurs de la plateforme.
– Développer des codes pour traiter des problèmes spécifiques des utilisateurs de la plateforme, installer des outils et des logiciels de traitement et analyse d’image sur des serveurs de calculs
– Organiser et faire évoluer l’offre, la gestion et la facturation du service d’analyse.
– Conseiller les chercheurs sur le choix des logiciels et des méthodes de traitement du signal, d’image et d’analyse de données à employer en fonction du problème à traiter
– Participer au maintien et à l’évolution de la démarche qualité
– Effectuer des présentations et des formations afin d’assurer un transfert de connaissances et de compétences, et participer à l’encadrement des stagiaires ou doctorants sur les projets utilisateurs de la plateforme
– Assurer une veille scientifique et participer aux réseaux métiers.
Compétences
Savoirs
– Connaître les techniques de conception en algorithmie
– Connaître le traitement de signal et le traitement d’image
– Connaître les techniques de bases théoriques en microscopie à fluorescence et de l’histologie
– Connaître l’anglais technique du domaine
Savoir-faire opérationnels
– Mettre au point ou adapter des techniques nouvelles
– Maîtriser au moins un langage de programmation et les environnements de développement associés (JAVA, PYTHON, …)
– Savoir piloter différents projets en parallèle
– Savoir utiliser les logiciels de traitement d’image du domaine, commerciaux ou libres
– Savoir travailler dans un environnement Linux et avec l’écosystème associé au Deep Learning
– Savoir rédiger des documentations et des articles scientifiques en anglais ou en français
– Savoir présenter ses résultats à un public pluridisciplinaire en anglais ou en français
Savoir-être
– Travailler en équipe
– Sens du relationnel
– Être rigoureux et organisé
-Capacité de conceptualisation
-Capacité de décision
– Capacité de raisonnement analytique
Contexte de travail
La plateforme (PF) MicroPICell est localisée dans le bâtiment IRS-UN à Nantes et fait partie de l’UMS BioCore. L’UMS BioCore est une unité mixte de service, Inserm US 16, CNRS UAR 3556, UMS 3556 Nantes Université et CHU de Nantes. Elle est actuellement composée de 36 personnels ITA travaillant sur 7 plateformes ainsi que d’un service support.
La PF MicroPICell propose une offre intégrée complète en imagerie cellulaire et tissulaire à l’ensemble de la communauté scientifique ligérienne mais aussi extérieure, qu’elle soit académique ou industrielle. L’ensemble des prestations proposées permet aux utilisateurs et collaborateurs d’avoir accès aux services de préparation des échantillons, d’observation en microscopie photonique et de gestion et analyse des données images générées. Les domaines d’applications sont plutôt en recherche translationnelle (transplantation et immunologie, Thérapie génique, Médecine régénérative, neuropathie du système nerveux entérique, immunothérapie et cancérologie…).
Cette plateforme est composée de 6.2 ETP (dont 0.2 ETP de direction scientifique) et est actuellement divisée en trois services. Un service de microscopie photonique (3 ETP), un service d’analyse d’image (0.2 ETP) et un service d’histologie (3 ETP). MicroPICell a été créée en 2010, labellisée BioGenOuest en 2011 et IBISA en 2018. Elle a intégré l’infrastructure nationale France Bio Imaging via le nœud Bretagne Loire fin 2019 et l’infrastructure européenne EuroBioimaging en 2020. Elle est également certifiée ISO9001 et NFX50-900 sur les activités de prestations de préparation d’échantillons et d’analyse d’image, de mise à disposition d’équipements, et sur des activités de recherche et développement.
Informations complémentaires
Ce contrat est renouvelable.