Poste à la mobilité : Ingénieur de recherche en calcul scientifique et microscopie optique (Paris Centre, Rennes)

Organization: U1143 – Laboratoire de Chimie et biologie de la cellule, Centre de Recherche de l’Institut Curie à Paris

Position Information:

L’Unité U1143 Inserm (Laboratoire de Chimie et biologie de la cellule, Centre de Recherche de l’Institut Curie) accueille dès que possible, en mobilité, un.e ingénieur.e de recherche  (H/F) en calcul scientifique et  microscopie optique (sous forme d’un poste à la mobilité).

L’Institut Curie est un centre de recherche et de traitement du cancer marqué par l’interdisciplinarité. Le département de Chimie et Biologie de la Cellule tient à cet esprit en réunissant au sein du même périmètre des chercheurs de divers horizons, notamment la chimie organique et la biologie cellulaire. Notre objectif est de relever les défis les plus judicieux en sciences de la vie et en biomédecine sous des aspects uniques qui deviennent accessibles grâce à une réelle intégration entre les disciplines. Les travaux de nos équipes couvrent des domaines de recherche fondamentale allant de la chimie à la biologie, en passant par l’endocytose, la signalisation, le trafic intracellulaire, la mécanique membranaire et la mécano transduction, la découverte de petites molécules et la biologie de la chromatine.

L’ingénieur-e sera à court terme affecté-e principalement dans l’équipe commune Inserm-Institut Curie-Inria SAIRPICO en cours d’intégration dans l’unité U 1143 et qui s’inscrit dans la continuité de l’équipe Serpico (https://team.inria.fr/serpico), coordonnée par Charles Kervrann et spécialisée dans le développement de méthodologies computationnelles pour le traitement et l’analyse d’images et vidéos en microscopie optique et la modélisation biophysique des mécanismes intracellulaires.

 

STRUCTURE D’ACCUEIL:  U1143 – Laboratoire de Chimie et biologie de la cellule, Centre de Recherche de l’Institut Curie à Paris

 

LOCALISATION:  Paris (26 rue d’Ulm 75005 Paris) et Rennes (Centre Inria de l’université de Rennes, équipe SAIRPICO)

 

MISSION PRINCIPALE:  L’ingénieur-e contribuera aux problématiques scientifiques qui nécessiteront l’élaboration de stratégies adaptées d’acquisition d’images de microscopie, de chaines d’analyse d’images (workflow) et de scripts/macros/plugins personnalisés, en collaboration étroite avec les spécialistes en imagerie computationnelle à Rennes et l’ensemble des équipes membres de l’unité U 1143. L’ingénieur-e conseillera et formera les utilisateurs aux techniques optiques et computationnelles dont il/elle a l’expertise. Il/elle participera aux discussions et collaborations au niveau national dans les divers réseaux du domaine et, au sein de l’infrastructure France BioImaging, dans le Noeud transverse IPDM (BioImage Informatics – Image Processing & Data Management). Dans ce cadre il/elle sera impliqué(e) dans les groupes de travail ad-hoc, de l’infrastructure Européenne Euro-BioImaging-ERIC.

 

ACTIVITÉS:

• Participer au développement de microscopie de fluorescence conventionnelle (video, confocal) et avancée (micrscopies haute résolution, microscopie par feuille de lumière) et à l’acqusition d’ images par ces approches.
• Développer, implémenter et déployer des méthodes avancées et des algorithmes de traitement et d’analyse d’images générées par les approches mentionnées.
• Concevoir ou améliorer la performance (e.g., vitesse de calcul, interface utilisateur) des outils d’analyse d’images en réponse à des besoins spécifiques en biologie.
• Concevoir et valider des protocoles automatisés d’analyse de données, en proposant des pipelines et en assurant leur mise à disposition aux utilisateurs.
• Créer les conditions pour faciliter les interactions scientifiques et le transfert de technologies entre les biologistes et les spécialistes en imagerie computationelle de la future équipe SAIRPICO.
• Assurer une veille technologique sur ces thèmes, notamment dans l’optique du développement d’une microscopie intelligente
• Former à l’utilisation des outils développés et rédaction de documentations et tutoriels.

 

CONNAISSANCES:

• Connaissance et pratique du traitement du signal et des images, apprentissage machine (e.g., Deep Learning, réseaux convolutionnels), statistiques.
• Connaissance approfondie de l’analyse d’images en microscopie de fluorescence (e.g., segmentation d’images, suivi d’objets mobiles, visualisation 3D).
• Connaissance pratique des techniques récentes de microscopie (e.g., super-résolution, feuille de lumière, polarisation de fluorescence), de la photonique et de l’instrumentation optique.
• Connaissance générale des bases de données images (e.g.,OMERO) et leurs déploiements.
• Connaissance générale en biologie cellulaire.

 

SAVOIR-FAIRE:

• Maitrise de l’anglais.
• Compétences essentielles en programmation (e.g., Python, MATLAB, Java, C/C++).
• Compétences en apprentissage profond (e.g., U-Net) et des logiciels de traitement d’images de microscopie (e.g., Icy, Fiji/ImageJ, napari).
• Goût pour le travail en équipe et les projets multidisciplinaires.

 

APTITUDES:

• Rigueur
• Travail en équipe
• Autonomie
• Organisation

 

EXPERIENCE SOUHAITÉE:

Physique optique/bio-photonique, traitement du signal et de l’image, statistiques ou mathématiques appliquées avec une formation validée ou une expérience documentée dans le domaine du traitement d’images.

 

Pour plus d’informations:

Contact: Ludger Johannes (ludger.johannes@curie.fr) et Charles Kervrann (charles.kervrann@inria.fr)

Pour postuler à cette fonction,  joindre CV,  liste de publications, références académiques et une lettre de motivation.

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