Job offer data scientist – image data processing  

Turing Centre for Living Systems 

The Turing Centre for Living Systems (CENTURI) is a large, interdisciplinary and interactive research project at  Aix-Marseille University, uniting a growing community of biologists, physicists, mathematicians, computer  scientists and engineers. The aim of the project is to decipher the complexity of biological systems through  the understanding of how biological function emerges from the organization and dynamics of living systems. 

CENTURI is seeking a highly motivated research engineer on image data processing to fill the post of data  scientist, within CENTURI’s technology transfer platform. This position will be a central point of data analysis,  data sharing and code sharing for our research community. 

Job duties include, but are not restricted to: 

– Provide advice and support to researchers with image processing and data mining (large data analysis  and integration, unsupervised/supervised learning, dimension reduction, statistics, deep learning  techniques, etc.) 

– Assist in transfer of knowledge between the teams of the CENTURIproject 

– Have a theoretical understanding of the algorithms used for data analysis; perform independent  literature search to keep abreast of appropriate methods and technologies. 

– Organize and conduct courses on data analysis for the CENTURI community: PhD students, postdocs,  researchers 

– Participate in the setup of an infrastructure for data sharing within the CENTURIproject – Participate in the development and maintenance the infrastructure of software sharing and code  transfer within the CENTURI project 

Image data processing will be at the core of the project. The successful candidate will be part of the data lab  team of the CENTURI engineering platform. Your expertise will help shape the data sharing and analysis  platform and you will be able to learn from, as well as share your knowledge within the CENTURI community. You will also interact with other engineering platforms on the Luminy campus.  

Your qualifications / expected profile 

You have a Master’s degree (at least) or a PhD (preferred) in data science (University, engineering school),  Computer Sciences or in Physics/Engineering/Applied Physics, with a strong interest and experience in  computational developments together with knowledge of image processing and analysis, statistical data  modelling and analysis (including multimodal data), signal filtering. Experience in machine learning theory  and practice would be a strong asset.

You have a strong experience (at least 5 years with a Master’s degree, at least three years with a PhD) in  research support or research in biological data analysis. Experience in a service facility is strongly  advantageous. Teaching experience would be a plus. 

Experience in professional software engineering and development, as well as data analysis and data sharing  strategies are beneficial. Ideally, the candidate will be familiar with common programming languages,  including Python, Java, C/C++, as well as proficient in a statistical analysis software, such as R or MatLab. In  addition, the candidate will have experience with neural networks training and/or experience in tracking  algorithms.  

You will have strong team-playing abilities and be able to interact with researchersfrommany fields, including  biology, physics, mathematics, and computer science. A friendly, outgoing personality and excellent  communication skills are required, as is the ability to work independently. 

The working language of CENTURI is English, but proficiency in French is beneficial.

What we offer 

CENTURI offers a vibrant, highly interactive working environment with the ability to work with researchers  and engineers from many disciplines. 

CENTURI offers a two-year contract from Aix-Marseille University (renewable). The salary will be based on Aix Marseille University’s salary scale, with a gross monthly salary between €1880 and €3560 (depending on profile  and experience). 

If you are interested, please apply online at the following address:  

http://centuri-livingsystems.org/recruitment/ 

Expected start date: from January 2023 

Application deadline: once the vacancy is filled 

Applications should include: 

– A CV, including a list of publications 

– A cover letter, describing your past experience with data analysis 

– Two recommendation letters

France-Biomaging is looking for a bioimage analyst

Join our efforts to create an open data ecosystem for biological imaging!

One year renewable contract – 2100 – 2358 euros/months gross salary, depending on experience, long term perspectives

Goals

• Build open data collections of microscopy images for deep learning challenges.

• Favor data reuse in the bio-image community.

• Connect biologists and image analysis experts.

Main activities

• Identify, define, expose key challenges in bioimage analysis.

• Recruit and encourage researchers to share their images using FAIR principles

• Organize R&D competitions (see kaggle data science bowl 2018 for an example) that use the created data collections and mobilize the international community: communicate (newsletter, website, Twitter, etc.), define the rules of the competitions, develop IT tools, organize the event, identify and evaluate the results.

• Monitor similar initiatives in the national and international community, particularly in Europe.

• Exchange with the international open microscopy community.

Skills

• Experience in data and metadata management, data stewardship, data engineering.

• Excellent communication skills.

• Experience in frontend development is a plus.

• Programming languages : knowledge of Python, javascript is a plus.

• Experience with biological data is a plus.

Training

Master degree in data science and engineering, computer science, applied mathematics, physics, bioinformatics. Additional training in biology is preferable but not obligatory.

Context

France-BioImaging is a distributed research infrastructure that works at the crossroads of molecular and cellular biology, microscopy, engineering and computer science. This unique infrastructure brings together major imaging facilities and research teams performing R&D in bioimaging across France.

The DATA project brings together 7 engineers to bring about transformative changes in data management and analysis within the bioimage community. Key outputs expected from this project include the deployment of cloud-based image repositories obtained with high throughput imaging techniques and the development of efficient deep learning workflows feeding from these data.

The engineer will be hosted at the Insitut Pasteur in Paris and will benefit from the direct supervision of leading experts Drs. C. Zimmer (Institut Pasteur) and T. Walter (École des Mines).

Please send a CV and motivation letter to edouard.bertrand@france-bioimaging.org

Informations générales

Référence : UAR3426-PERALL-011
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 22 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d’embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2642€ et 2461 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d’études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La mission principale de l’ingénieur.e est de contribuer au développement d’outils dédiés aux utilisateurs de l’infrastructure permettant d’interagir avec des données déportées d’imagerie en biologie.

Activités

1- Développer de nouveaux plugins end-users au sein des outils de la communauté permettant d’interagir avec les données d’imageries stockées dans les Meso-centres:
-Contribuer au développement d’outils d’interfaçage avec les bases des données d’imagerie (ex. OMERO) permettant leur intégration dans les Mesos-centres
-Rendre accessibles et fonctionnels les outils standards de visualisation et d’interactions des données d’imagerie avec les Meso-centres (FIJI/ImageJ , ICY , etc ..)
-Contribuer au développement d’outils d’aide à l’annotation de données d’imageries. Différentes modalités d’annotations seront envisagées (Détection d’éléments, Validation de segmentation, Classification (e.g. labellisation qualitative) d’éléments, Suivi temporel …)
-Constituer des bases de données d’annotations uniformisées à un niveau national (notamment pour l’apprentissage profond)

2- Rendre accessibles les puissances de calculs (CPU et GPU) des Meso-Centres aux end-users :
– Transformer les outils de la communauté en routines exécutables sur des machines distantes. (Dockerisation des différents outils/plugins pour être exécutable indépendamment de l’environnement)
– Développer des plugins d’exécution de ces routines au sein de chacun des outils de traitement d’image.
– Envoi/Récupération automatique des inputs /outputs des traitements automatisés

3- Interagir avec la communauté
-Être l’interlocuteur support des équipes de biologistes utilisatrices de l’IR France BioImaging sur des projets nécessitant visualisation et annotation d’images.
-Communiquer sur les outils développés lors de conférences scientifiques ou dans des journaux scientifiques.

Compétences

1- Connaissances Approfondies:
– Traitement d’images et outils dédiés en biologie (ImageJ ,Cellprofiler, Icy, Qupath etc…)
– Langages de programmation (Python, Java , C++ )
– Applications métiers
– Systèmes d’information (Data Manager , ex : OMERO )
– Administration de systèmes Linux et de Technologies de virtualisation

2- Connaissances Générales:
– Connaissance de stockage partagé et d’infrastructures de calcul type cluster.
– Architecture et l’environnement technique du système d’information
– Sécurité des systèmes d’information et de communication
– Référentiel des bonnes pratiques
– Fonctionnement du milieu de la recherche académique
– Anglais technique

3- Compétences Opérationnelles:
– Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
– Expliciter les besoins et les prioriser
– Jouer un rôle de conseil ou d’aide à la décision
– Administrer un système de base de données
– Communiquer et faire preuve de pédagogie
– Accompagner les changements
– Travailler en équipe

4- Compétences Comportementales:
– Autonomie et initiative
– Réactivité
– Capacité de prospective
– Sens de la confidentialité

Contexte de travail

France Bio-Imaging – FBI – (https://france-bioimaging.org) une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d’imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie, dans 6 nœuds locaux et un nœud transverse “Image Processing and Data Management”. L’infrastructure a récemment mis en place un plan de gestion de données, reposant sur la mise en place coordonnée de base de données images sur les Méso-centres régionaux.
L’agent sera localisé au sein d’une équipe R&D ICAR (http://www.lirmm.fr/icar/) du laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier – LIRMM – (http://www.lirmm.fr ). Des déplacements réguliers (mensuels) dans les autres nœuds (Paris, Paris Sud, Bordeaux, Nantes, Marseille) sont à prévoir.
La plate-forme d’imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr) est l’une des 16 plateformes technologiques de l’Unité d’appui à la recherche BioCampus Montpellier.
La plateforme MRI offre des équipements (84 instruments) et une expertise (32 personnes) dans les domaines de la microscopie optique, de la cytométrie de flux, de la tomographie à rayons X et de l’imagerie à haut débit. Elle est utilisée par environ 850 utilisateurs chaque année. MRI est membre de l’infrastructure France BioImaging.
L’institut de Science des Données – ISDM – (https://isdm.umontpellier.fr ) a pour objectif de fédérer et d’animer l’ensemble des structures et des acteurs œuvrant pour le développement de la science des données. Il concourt :
● à la définition d’une politique des données de la recherche harmonisée en matière de science ouverte et données de la recherche ;
● à l’accompagnement des structures de recherche et de projets nécessitant des compétences autour des données ;
● à la diffusion, l’animation et la formation en science des données ;
● à la mise en œuvre d’une offre de services numériques en s’appuyant sur la plateforme Meso@LR qui dispose d’une offre “calcul”, “données” et “Cloud”.
L’objectif est la mise en place du projet ” DATA” de l’infrastructure FBI en partenariat avec le LIRMM, MRI, ISDM et MESO@LR et un groupe de travail distribué dans les différents nœuds de FBI.

Corps : Ingénieur d‘étude BAP : E-Informatique, statistiques et calcul scientifique

Emploi type : Ingénierie logicielle

Cet emploi nécessite des compétences interdisciplinaires.

Quotité : Temps plein

Date de début de contrat: 2ème semestre 2021

Contact : perrine.paul-gilloteaux@france-bioimaging.org

Description du contexte :

L’IR France-BioImaging est une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d’imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie, dans 6 nœuds géographiques et un nœud transverse transverse “Image Processing and Data Management”.

L’infrastructure, en lien avec les responsables du nœud transverse “Image Processing and Data Management” a défini son plan de gestion de données, reposant sur la mise en place coordonnée de base de données images sur les data centres. L’IR France-BioImaging a ainsi défini une stratégie de renforcement pluriannuelle des demandes RH en gestion et analyse des données images.

L’agent sera localisé sur le nœud Bretagne-Loire et basé à Nantes. Des déplacements réguliers (mensuels) dans les différents nœuds (Paris, Paris Sud, Bordeaux, Montpellier, Marseille, et les plateformes Rennaises du nœud Bretagne Loire) sont à prévoir.

Description des missions :

– Participer à la mise en place le projet ” DATA”  de l’infrastructure de recherche France BioImaging (IR FBI), sous la supervision d’1 IRHC CNRS (0.2 ETPT) et avec un groupe de travail distribué dans les différents nœuds, pour la gestion des images produites par les utilisateurs de l’infrastructure.

– Proposer et former sur l’organisation les données issues de microscopies variées et avancées (Base de Métadonnées ; Ontologies…) en cohérence avec les initiatives européennes d’archivage de données image (Bioimage Archive, IDR, EMPIAR)

Description des activités :

–   Déployer et configurer sur l’ensemble des nœuds  de France-BioImaging des outils de gestion d’images (OMERO par défaut) sur les data centres associés, avec le support d’un ingénieur d’étude système et réseaux et des référents informatiques des nœuds de France-BioImaging.

– Être l’interlocuteur support des équipes de biologistes utilisatrices de l’IR FBI sur des projets nécessitant gestion, traitement et analyse d’images.

– Mettre en place et assurer le suivi des versions de la base de données déployées, et centraliser les outils disponibles.

– Animer et documenter les retours utilisateurs et des personnels de plateforme par différents canaux (newsletter, site web, sondage) et proposer des améliorations.

– Coupler ces outils de gestion des images à des outils d’analyse en adaptant des scripts existants pour qu’ils puissent être lancés en client de la base de données.

– Assurer une veille technologique poussée dans le domaine des BdD et des technologies IT

– Mettre en place et animer un réseau de référents data dans les différents nœuds de l’infrastructure.

– Former les référents de chaque nœud à l’utilisation et l’administration locale, et aux bonnes pratiques d’organisation des projets.

-Travailler avec les autres infrastructures nationales collaborant avec FBI sur les questions communes de gestion et d’analyse d’image (IFB, CELPHEDIA, FLI, EMBRC.fr).

Compétences attendues :

– Connaissances générales en biologie

– Connaissances générales en imagerie.

– Expérience en analyse d’images biologiques et connaissance de certains des outils logiciels disponibles en traitement d’image biologique (Image J/FiJI, Cell Cognition, Icy, Ilastik..) ; l’analyse d’images médicales et/ou l’expérience des méthodes d’apprentissage profond est en bonus.

– Connaissance d’au moins un logiciel de gestion de données images (exemple OMERO) ou des architectures client-serveur.

– Connaissance des protocoles de transfert de données et des technologies de stockage, suffisante pour collaborer avec les services informatiques des nœuds et l’Institut Français de Bioinformatique notre partenaire.

– Connaissance approfondie d’au moins un langage de programmation Java ou Python

– Savoir analyser les besoins, avec des éléments de langage “communs” et proposer des solutions

– Être en mesure de présenter ses travaux au sein de l’IR et à l’extérieur (capacité de présentation orale et de rédaction)

– Capacité pédagogique requise, une expérience du travail interdisciplinaire serait un plus.

– Anglais Courant (oral et écrit)

Diplôme :

Titulaire d’un M2 bio-informatique ou équivalent : double compétence biologie et informatique, ou équivalent par les stages.

Several postdoctoral positions are opened at the Institut Pasteur (Paris, France) to visualize the topological and functional dynamics of small regulatory pieces of DNA, called enhancers, in the animal genome. Successful candidates will join a collaborative and interdisciplinary venture in the newly formed unit Physics of Biological Function of biophysicist Thomas Gregor.

Presentation of the unit and its research topics:

The Unit for the Physics of Biological Function at Institut Pasteur studies the basic physical principles that govern the existence of multicellular life. A core focus of the lab is to understand biological development–the complex process through which an organism grows from a single cell into a differentiated, multicellular organism–from a physics perspective. As such, we formulate and experimentally validate quantitative models that describe how individual cells interact and organize in order to generate complex life forms. Our main interests lie in:

  • multicellular pattern formation
  • transcriptional regulation in the context of development
  • molecular limits to biochemical sensing
  • emergence of collective behaviors in multicellular system
Description of a representative project:

The dynamic organization of the genome in time and space plays a crucial role in the functional specification of a cell. In particular the interplay between multiple distant enhancers and their target gene promoters has critical mechanistic consequences on gene activity patterns during cell differentiation and development. We are developing state-of-the- art high-resolution live imaging techniques to resolve multiple enhancers in space and time to correlate the 3D motion of the DNA polymer with gene activity. The challenge is to develop the right imaging modalities that optimize our need for high temporal and spatial resolution, and to image a large field of view with multiple (≥ 4) colors simultaneously. [For more information see: Chen et al. (2016). Direct visualization of transcriptional activation by physical enhancer-promoter proximity. bioRxiv 099523; doi: https://doi.org/10.1101/099523.]

Expected profile of the candidate:

Candidates will have a strong interest for collaborative and interdisciplinary research. They should have a proven successful track record equipped with a combination of the following skills:

  • live-cell microscopy, single molecule imaging
  • microscope design and implementation
  • hard- and software design for microscope control
  • computational image analysis

Ability to work independently and in collaboration with members of the lab and international collaborators in a dynamic, diverse and multinational group is essential. English is the working language.

Contact: thomas.gregor@pasteur.fr Applications should include a statement of research interests and motivation, a CV, and contact information for three references. Applications will be reviewed as soon as they are received. Funding is available for multiple positions but candidates will be encouraged to apply for independent competitive grants. Long-term funding is possible upon mutual agreement. Alternative projects that match with the overall goals of the unit can be discussed at the interview stage.

The newly founded unit Physics of Biological Function of biophysicist Thomas Gregor at Institut Pasteur is seeking to fill two open position at the engineer level to perform microscopy and imaging related research. Candidates with strong interest in interdisciplinary optical microscopy and biophysics research will be expected to build microscopes, run live imaging experiments and execute image processing and analysis routines.

Presentation of the unit and its research topics:

The Unit for the Physics of Biological Function at Institut Pasteur studies the basic physical principles that govern the existence of multicellular life. A core focus of the lab is to understand biological development–the complex process through which an organism grows from a single cell into a differentiated, multicellular organism–from a physics perspective. As such, we formulate and experimentally validate quantitative models that describe how individual cells interact and organize in order to generate complex life forms. Our main interests lie in:

  • multicellular pattern formation
  • transcriptional regulation in the context of development
  • molecular limits to biochemical sensing
  • emergence of collective behaviors in multicellular system
Description of a representative project:

The dynamic organization of the genome in time and space plays a crucial role in the functional specification of a cell. In particular the interplay between multiple distant enhancers and their target gene promoters has critical mechanistic consequences on gene activity patterns during cell differentiation and development. We are developing state-of-the- art high-resolution live imaging techniques to resolve multiple enhancers in space and time to correlate the 3D motion of the DNA polymer with gene activity. The challenge is to develop the right imaging modalities that optimize our need for high temporal and spatial resolution, and to image a large field of view with multiple (≥ 4) colors simultaneously.

Expected profile of the candidate:

Candidates will have a strong interest for collaborative and interdisciplinary research. They should have a proven successful track record equipped with a combination of the following skills:

  • live-cell microscopy, single molecule imaging
  • microscope design and implementation
  • hard- and software design for microscope control
  • computational image analysis

Ability to work independently and in collaboration with members of the lab and international collaborators in a dynamic, diverse and multinational group is essential. English is the working language.

Contact: thomas.gregor@pasteur.fr Applications should include a statement of research interests and motivation, a CV, and contact information for three references. Applications will be reviewed as soon as they are received. Funding is available for multiple positions; long-term funding is possible upon mutual agreement.

To identify genes regulating the assembly and the disassembly of RNA/protein complexes, the group of F. Besse (iBV, Nice) has started a genome-wide screen relying on high throughput imaging of cultured cells. The goal of this screen is to identify mutant conditions in which the properties (number, size, distribution…) of RNA/protein particles labeled with a fluorescent protein are altered. Automatic image analysis methods are required to quantitatively and statistically analyze the millions of images generated by the screen, and to identify classes of mutants.

The candidate will develop a statistical and classification framework to identify and characterize different populations of genes having an impact on the population of RNA/protein particles. This includes (i) the definition of a diffeomorphism that maps any individual cell into a common space (mean shape or model), (ii) the definition of a spatial statistical framework to define a notion of configuration of particles as an additional characterization of a cell (mean configuration, covariance), and (iii) the development of an unsupervised classification scheme.

The candidate will work under the supervision of Xavier Descombes and Eric Debreuve (Centre INRIA Sophia Antipolis/I3S; http://www-sop.inria.fr/morpheme/), in close collaboration with biologists from F. Besse’s team (Fabienne de Graeve and Florence Besse). The position is funded for 12 months and should start on the 1st of March 2018 at the latest.

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