IE traitement et analyse d’images en microscopie électronique et déploiement d’une base de données images de type OMERO

Organization: France BioImaging - Plateforme du Bordeaux Imaging Center (CNRS)

Position Information:

Missions

L’ingénieur d’étude en traitement et analyse d’images (TAI) utilise en expert les logiciels dédiés, automatise les tâches de TAI pour les utilisateurs. Il s’est fait une spécialité de l’utilisation de l’apprentissage par ordinateur et des techniques de traitement, d’analyse et de visualisation de données 3D. Sa connaissance de la microscopie électronique (balayage, transmission, perte d’énergie), en fait un référant du traitement de ce type de données. Sensibilisé à la microscopie photonique, il est en mesure participer aux développements en microscopie corrélative (CLEM). Utilisateur de systèmes de bases de données images, il est en mesure d’interagir avec le service IT pour le déploiement d’une telle solution. Il exerce son activité au sein du Bordeaux Imaging Center, et relai en local les outils et méthodologies qu’il contribue à mettre en place au sein de l’infrastructure nationale France BioImaging (FBI).

Activités

Activités principales
• Définir avec les utilisateurs une méthode d’analyse des données.
• Implémenter la méthodologie retenue sous la forme d’un « flux de travail », en choisissant en expert le/les outil(s) le(s) plus pertinent(s).
• Développer les boites à outils logiciels nécessaires à la réalisation de l’analyse.
• Assurer l’interaction avec le service IT, en cohérence avec l’infrastructure nationale FBI, pour la mise en place d’une base de données images en local.
• Rédiger les notes techniques et les tutoriaux relatifs aux méthodes de TAI implémentées et aux ressources mises en place/disponibles.
• Former et assurer un transfert technologique auprès des utilisateurs.
• Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et limites des techniques, sur l’interprétation des données.
• Gérer en parallèle plusieurs requêtes utilisateurs en TAI.
Activités associées
• Gérer les moyens techniques alloués aux expérimentations : maintenance informatique de base.
• Organiser et contrôler l’utilisation collective des postes de travail.
• Concevoir ou animer des actions de formation en interne et en externe.
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité.

Compétences

Compétences principales
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires
• Connaissance approfondie des approches d’apprentissage par ordinateur appliquées à la donnée image (logiciels dédiés et API spécifiques telles que TensorFlow)
• Connaissance approfondie des approches méthodologiques de TAI appliquée aux microscopies, principalement électroniques, (recalage d’images multidimensionnelles, reconstruction de volumes à partir de piles d’images, segmentation d’images, rendu et visualisation 3D…).
• Connaissance générale des bases de données images et de leur mise en place (OMERO, CID, BisQue, …).
• Connaissances théoriques (à minima) et pratiques en microscopies électroniques.
• Capacité à accomplir des tâches segmentées.
• Connaissance générale de la biologie.
Savoirs sur l’environnement professionnel
• Les «réseaux métiers» et les actions de formation qu’ils proposent.
• Les réglementations du domaine en hygiène et sécurité.
• Les principes éthiques et les réglementations afférentes.
Savoir-faire opérationnels
• Utiliser en spécialiste les outils informatiques et les logiciels dédiés du domaine pour l’automatisation de l’analyse des données (création de macros et/ou greffons sous ImageJ, de scripts Matlab/Icy/R, de workflows sous CellProfiler, de projets sous iLastik, …).
• Utiliser en spécialiste au moins un langage de programmation (Python, Java, C/C++, …).
• Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes : qualité d’écoute et adaptabilité pour répondre aux besoins variés des utilisateurs, goût du service commun. Adapter des contenus pédagogiques au niveau et aux attentes de ses interlocuteurs : qualités pédagogiques pour la transmission des savoirs et l’encadrement des utilisateurs.
Compétences linguistiques
• ANGLAIS : Compréhension écrite et orale : niveau 2 Expression écrite et orale : niveau 1.
Compétences associées
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires
• Notions de base sur les techniques des disciplines voisines (mathématiques, physique, chimie, …).

Contexte de travail

Le BIC met à disposition de la communauté scientifique, académique et industrielle une offre de service, de formation et de R&D en imagerie cellulaire, principalement dans les domaines de la santé et du végétal. C’est une plateforme labélisée au niveau national Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie (IBISA). Ses prestations de service incluent le conseil et l’encadrement des utilisateurs de la préparation de l’échantillon à l’analyse d’images. Le BIC fait partie des infrastructures FBI (nationale) et Euro BioImaging (européenne).
Le recrutement de l’ingénieur(e) d’étude s’inscrit dans le cadre de la création d’une activité transversale dédié au traitement et à l’analyse d’images. Le BIC est actuellement constitué de 3 pôles complémentaires, prenant en charge l’imagerie du végétal, la microscopie électronique et la microscopie photonique : l’ingénieur(e) recruté interagira étroitement avec l’ensemble de ces composantes.
L’activité s’exerce au sein du BIC, l’ingénieur(e) travaillera sous la responsabilité d’un ingénieur de recherche, en collaboration avec l’ensemble des pôles.

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