Ingénieur.e / Développeur.se d’outils de maillage 3D
Organization: Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier LIRMM - France BioImaging RI
Position Information:
Informations générales
Référence : UAR3426-EDIDEM0-035
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 16 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d’embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2109 € et 2228 € brut mensuel selon expérience
Niveau d’études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent
Missions
La mission principale de l’ingénieur.e s’intègre dans le cadre d’un transfert de technologie de MorphoNet à travers les outils standards de la communauté d’analyse en bio-imagerie. Nous visons ainsi à contribuer au déploiement d’outils permettant d’interagir avec des ensembles de données 3D et 3D +t au sein des plateformes d’imageries. L’objectif de ce projet est de donner un accès complet à toutes les fonctionnalités de MorphoNet pour les utilisateurs de France Bio-Imaging.
Activités
1. Conversion des données :
– Création de routines (en python) de conversion de données de segmentation d’images 3D (et 3D +t) vers des données de maillage surfacique et volumique basées sur des librairies existantes (VTK, CGAL) .
– Intégration des convertisseurs de données dans des plugins adaptés des outils standards de la communauté (ImageJ,Omero,Imaris,Amira, etc…)
– Création d’installateur standalone pour certains convertisseurs.
– Intégration dans une interface web permettant l’upload de données segmentées, la conversion en format maillé et le téléchargement des résultats finaux.
2. Création d’installateur de MorphoNet :
– Adaptation du serveur de MorphoNet au sein d’une couche de virtualisation standardisée.
– OpenStack, en tant que plateforme standard ouverte et gratuite, sera utilisé pour déployer et installer facilement l’infrastructure MorphoNet comme un service docker
3. Formation:
– Participation à la conception de divers outils de formation en ligne de MorphoNet.
– Formation du personnel des plateformes afin de pouvoir maintenir les outils et aider leurs utilisateurs biologistes finaux.
Compétences
Connaissances Approfondies:
– Informatique Graphique
– Traitement d’images
– Modélisation Géométrique 3D
– Langages de programmation (Python , C++ )
Connaissances Générales:
– Technologies de virtualisation
– Outil Unity3D
– Bases de données
– Architecture Web
– Sécurité des systèmes d’information et de communication
– Référentiel des bonnes pratiques
– Fonctionnement du milieu de la recherche académique
– Anglais technique
Compétences Opérationnelles:
– Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
– Expliciter les besoins et les prioriser
– Jouer un rôle de conseil ou d’aide à la décision
– Communiquer et faire preuve de pédagogie
– Accompagner les changements
– Travailler en équipe
Compétences Comportementales:
1 – Autonomie et initiative
2 – Réactivité
3 – Capacité de prospective
4 – Sens de la confidentialité
Contexte de travail
La personne recrutée intégrera une équipe interdisciplinaire située au Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (CNRS – Université de Montpellier, www.lirmm.fr). Cette équipe a développé un nouveau concept de navigateur web morphodynamique appelé MorphoNet (https://morphonet.org/) permettant d’interagir avec des données maillées segmentées à grande échelle, dans une philosophie FAIR. MorphoNet consiste en 1) une interface utilisateur graphique intuitive, fonctionnant sur un navigateur web standard ; 2) une base de données relationnelle pour le stockage et l’organisation des données morphologiques complexes 3D + temps à afficher, capturées à un seul point temporel ou comme une série temporelle ; 3) un ensemble de formats génériques utilisés pour la représentation des données.
Ce poste se place dans le cadre d’un projet de transfert de technologie financé par France-BioImaging (FBI) qui est une infrastructure de recherche (IR) distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique.
Dans ce contexte nous avons de fortes interactions avec la plate-forme d’imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr), membre de FBI, qui est l’une des 16 plateformes technologiques de l’Unité d’appui à la recherche BioCampus Montpellier.
Contraintes et risques
Néant
Informations complémentaires
Lieu de travail : LIRMM Batiment 5, 860 rue Saint Priest, 34095 Montpellier