Ingénieur(e) de Recherche en Informatique des données : mise en place d’une infrastructure de gestion, d’analyse et d’annotation de données massives d’imageries en biologie

Organization: France BioImaging RI

Position Information:

Missions

La mission principale de l’ingénieur.e est de contribuer au développement d’outils dédiés aux utilisateurs de l’infrastructure permettant d’interagir avec des données déportées d’imagerie en biologie.

Activités

1- Développer de nouveaux plugins end-users au sein des outils de la communauté permettant d’interagir avec les données d’imageries stockées dans les Meso-centres:
-Contribuer au développement d’outils d’interfaçage avec les bases des données d’imagerie (ex. OMERO) permettant leur intégration dans les Mesos-centres
-Rendre accessibles et fonctionnels les outils standards de visualisation et d’interactions des données d’imagerie avec les Meso-centres (FIJI/ImageJ , ICY , etc ..)
-Contribuer au développement d’outils d’aide à l’annotation de données d’imageries. Différentes modalités d’annotations seront envisagées (Détection d’éléments, Validation de segmentation, Classification (e.g. labellisation qualitative) d’éléments, Suivi temporel …)
-Constituer des bases de données d’annotations uniformisées à un niveau national (notamment pour l’apprentissage profond)

2- Rendre accessibles les puissances de calculs (CPU et GPU) des Meso-Centres aux end-users :
– Transformer les outils de la communauté en routines exécutables sur des machines distantes. (Dockerisation des différents outils/plugins pour être exécutable indépendamment de l’environnement)
– Développer des plugins d’exécution de ces routines au sein de chacun des outils de traitement d’image.
– Envoi/Récupération automatique des inputs /outputs des traitements automatisés

3- Interagir avec la communauté
-Être l’interlocuteur support des équipes de biologistes utilisatrices de l’IR France BioImaging sur des projets nécessitant visualisation et annotation d’images.
-Communiquer sur les outils développés lors de conférences scientifiques ou dans des journaux scientifiques.

Compétences

1- Connaissances Approfondies:
– Traitement d’images et outils dédiés en biologie (ImageJ ,Cellprofiler, Icy, Qupath etc…)
– Langages de programmation (Python, Java , C++ )
– Applications métiers
– Systèmes d’information (Data Manager , ex : OMERO )
– Administration de systèmes Linux et de Technologies de virtualisation

2- Connaissances Générales:
– Connaissance de stockage partagé et d’infrastructures de calcul type cluster.
– Architecture et l’environnement technique du système d’information
– Sécurité des systèmes d’information et de communication
– Référentiel des bonnes pratiques
– Fonctionnement du milieu de la recherche académique
– Anglais technique

3- Compétences Opérationnelles:
– Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
– Expliciter les besoins et les prioriser
– Jouer un rôle de conseil ou d’aide à la décision
– Administrer un système de base de données
– Communiquer et faire preuve de pédagogie
– Accompagner les changements
– Travailler en équipe

4- Compétences Comportementales:
– Autonomie et initiative
– Réactivité
– Capacité de prospective
– Sens de la confidentialité

Contexte de travail

France Bio-Imaging – FBI – (https://france-bioimaging.org) une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d’imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie, dans 6 nœuds locaux et un nœud transverse “Image Processing and Data Management”. L’infrastructure a récemment mis en place un plan de gestion de données, reposant sur la mise en place coordonnée de base de données images sur les Méso-centres régionaux.
L’agent sera localisé au sein d’une équipe R&D ICAR (http://www.lirmm.fr/icar/) du laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier – LIRMM – (http://www.lirmm.fr ). Des déplacements réguliers (mensuels) dans les autres nœuds (Paris, Paris Sud, Bordeaux, Nantes, Marseille) sont à prévoir.
La plate-forme d’imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr) est l’une des 16 plateformes technologiques de l’Unité d’appui à la recherche BioCampus Montpellier.
La plateforme MRI offre des équipements (84 instruments) et une expertise (32 personnes) dans les domaines de la microscopie optique, de la cytométrie de flux, de la tomographie à rayons X et de l’imagerie à haut débit. Elle est utilisée par environ 850 utilisateurs chaque année. MRI est membre de l’infrastructure France BioImaging.
L’institut de Science des Données – ISDM – (https://isdm.umontpellier.fr ) a pour objectif de fédérer et d’animer l’ensemble des structures et des acteurs œuvrant pour le développement de la science des données. Il concourt :
● à la définition d’une politique des données de la recherche harmonisée en matière de science ouverte et données de la recherche ;
● à l’accompagnement des structures de recherche et de projets nécessitant des compétences autour des données ;
● à la diffusion, l’animation et la formation en science des données ;
● à la mise en œuvre d’une offre de services numériques en s’appuyant sur la plateforme Meso@LR qui dispose d’une offre “calcul”, “données” et “Cloud”.
L’objectif est la mise en place du projet ” DATA” de l’infrastructure FBI en partenariat avec le LIRMM, MRI, ISDM et MESO@LR et un groupe de travail distribué dans les différents nœuds de FBI.

Location