Training

La plateforme de microscopie électronique de l’IBDM organise une formation dédiée à l’utilisation des rayons X dans la préparation d’échantillons pour la microscopie électronique.

En une vingtaine de minutes, les rayons X permettent de révéler la carte 3D d’un échantillon. Grâce à l’utilisation d’outils dédiés gratuits, il est possible d’utiliser ensuite cette carte 3D pour orienter le bloc et couper l’échantillon à l’endroit visé, sous l’angle voulu, et ce sur n’importe quelle génération d’ultra-microtome. Grâce à la participation de Leica, les stagiaires pourront aussi découvrir le module µCT de l’ultramicrotome Leica Enuity.

Ceux qui le souhaitent pourront travailler sur leurs propres échantillons.

Pour vous inscrire:

1. Complétez le formulaire d’inscription disponible dans ce document,
2. Renvoyez le à formation@dr12.cnrs.fr,
3. Pré-inscrivez-vous sur la plateforme Azur colloque, ici

Deadline: 07 septembre 2026

Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et l’Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires (IBGC) co-organisent une formation dédiée au SBF-SEM et son application pour la reconstruction 3D du vivant. 

Tout le workflow, de la préparation des échantillons à l’analyse d’images sera abordé lors de ces 6 demi-journées de formation, avec un focus sur la préparation d’échantillon.

Objectifs de la formation:

• Expliquer les principes fondamentaux du SBF-SEM et décrire les bases théoriques
• Sélectionner et appliquer la méthode de préparation la plus adaptée à l’échantillon et à l’objectif scientifique (cryo-méthodes, fixation chimique conventionnelle, microwave, méthodes d’inclusion)
• Réaliser un montage optimisé sur pin afin de garantir la stabilité et la qualité du signal en acquisition continue
• Configurer et exécuter une acquisition automatisée SBF-SEM
• Traiter, reconstruire, segmenter et visualiser les données volumétriques à l’aide de logiciels connus (tels que FIJI, Webknossos, Microscopy Image Browser…)

Retrouvez plus d’information sur le programme et les modalités d’inscription ici: https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/435/explorer-le-vivant-en-3d-avec-le-serial-block-face-scanning-electron-microscopy-sbf-sem/

Le pôle photonique du Bordeaux Imaging Center organise une nouvelle session de formation dédiée à la visualisation et l’analyse d’image 3D avec le logiciel Imaris.

Cette formation a pour objectif d’acquérir les bases du traitement et de l’analyse d’image microscopie en 3D ainsi que les possibilités du logiciel Imaris.

La session se déroule sur 3 jours et est composée de cours théoriques et d’ateliers pratiques.

Inscrivez-vous ici: https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/293/imaris-visualisation-et-quantification-dimages-3d/

Cette formation est dédiée à l’analyse computationnelle des données de transcriptomique spatiale avec Python.

1er jour – Fondamentaux, transformation et préparation des données

• Matin (Code-Along/Frontal interactif) :
  • Tour d’horizon rapide : techniques image-based vs sequencing-based
  • Workflow général et présentation de l’écosystème scverse (SpatialData, AnnData)
  • Installation et environnement de travail : prise en main des notebooks
• Après-midi (laboratoire guidé) :
  • Chargement des données et contrôle qualité (QC)
  • Prétraitement et filtrage (cellules/gènes)
  • Manipulation des données spatiales : calcul des métriques de base et premières visualisations

2ème jour – Analyse avancée et restitution (projets de groupe)

• Matin (laboratoire/mini-projet) :
  • Répartition en 2 groupes de travail sur 2 jeux de données publiés (ex. tissus sains vs pathologiques, technologies variées)
  • Exploration autonome guidée : clustering spatial et détection de gènes variables
  • Application de méthodes avancées : Intégration ou analyse de voisinage (selon les intérêts)
• Après-midi (finalisation et restitution) :
  • Finalisation de l’analyse et préparation des présentations
  • Session de restitution : chaque groupe présente son workflow et ses résultats aux autres (15-20 min par groupe)
  • Discussion collective, FAQ, ouverture sur les outils complémentaires et bilan de la formation

Prérequis :

• Connaissances de base du langage Python ;
• Connaissances biologiques suffisantes pour comprendre le fonctionnement de la transcriptomique spatiale ;
• Connaissances mathématiques et statistiques

Formateurs :

• ENRIQUEZ Jonathan
• BOUCHET Mathilde
• SARNATARO Sergio

Pour vous inscrire, rendez-vous << ici >>