Training

Within the context of the COST action COMULIS (Correlated Multimodal Imaging in Life Sciences, CA17121) we are organising a training event on ‘Image processing for correlated and multimodal imaging techniques’.

COMULIS (Correlated Multimodal Imaging in Life Sciences) is an EU-funded COST Action that aims at fuelling urgently needed collaborations in the field of correlated multimodal imaging (CMI), promoting and disseminating its benefits through showcase pipelines, and paving the way for its technological advancement and implementation as a versatile tool in biological and preclinical research.

S'initier à ImageJ
-Qu'est-ce qu'Image J ? Où le trouver ? Comment l'installer ?
-Qu'est-ce qu'une image ? Comment ouvrir les formats d'images propriétaires ?
-Qu'est-ce que l'histogramme d'une image ? Comment le manipuler ?
-Le cas des images couleur : notion de table de couleurs, les différents types d'images couleur (overlay,
composite...). -Calibration en distance d'une image
-Montage de planches. -Travailler avec des images 3D : projections et visualisation 3D.
Quantification d'images
-Manipulation de régions d’intérêt et mesures simples en 2D.
-Amélioration d'image en préalable à la quantification : les filtres (linéaires, de rang, fréquentiels).
-Travailler sur une image binaire : notions de morpho-mathématiques.
-Analyse en composante connexe, dénombrement et quantifications d'objets en 2D et 3D.
-Calibration d’images en intensité. -Segmentation d’images (N&B et couleur).
-Quantifications avancées (co-localisation, pistage). -Introduction à l’automatisation de tâches.

La formation portera sur les préparations des échantillons pour la microscopie (de la prise en charge de l'échantillon jusqu'à la coupe sur lame) et les méthodes de vérification de la qualité des échantillons préparés en vue de leur quantification par analyse d'image. Les caractéristiques de préparation de différents types d'échantillons seront présentées (tissus durs - os -, biopsie, organe entier...) et mises en pratique.
Cours et tables rondes (40 %)
- Préparation des coupes :
. détails des étapes de préparation des coupes histologiques paraffine et congelées
. présentation des diverses colorations, des protocoles, de cas d'écoles et d'erreurs typiques à éviter
- Immuno-marquages :
. préparations en immuno-histochimie sur coupe (DAB - Red chromogène...)
. éléments de traitement du signal et d'analyse d'image pour validation de la bonne préparation des échantillons
. aspects quantitatifs
. immunofluorescence - multiplexing
- Introduction à la préparation des gros échantillons : spécificités liées aux marquages et à la préparation des gros échantillons pour observation en microscopie
Travaux pratiques (60 %)
- Préparation des échantillons histologiques (mise en œuvre des protocoles présentés)
- Visualisation au microscope des échantillons préparés
- Acquisition et analyse des images dans les meilleures conditions (logiciels gratuits QuPath et ImageJ)
Possibilité de faire les TP, à des fins pédagogiques, sur des échantillons apportés par les stagiaires.

EQUIPEMENTS
Microtomes ; cryostat ; automate de coloration ; serial block face ; scanner de lame (fond et fluorescence) ; microscope champ large et confocal ; ordinateurs avec QuPath et ImageJ
Voir le site internet de la plateforme MicroPICell pour une description détaillée des équipements