Training

La plateforme de microscopie I2BC organise une formation sur le traitement et analyse d’images de microscopie avec le logiciel ImageJ/FIJI.

L’objectif de cette formation est d’acquérir les bases du traitement d’image et de la quantification des données provenant d’images, puis d’aborder des applications plus avancées en analyse d’image.

La formation se déroule sur 3 jours et se compose de 21h de cours théoriques et pratiques, sous la forme d’ateliers.

Retrouvez le programme complet et pré-inscrivez-vous ici : https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/231/imagej-fiji-traitement-et-analyse-dimages-de-microscopie/

La session de novembre est complète mais n’hésitez pas à vous inscrire sur liste d’attente auprès de cfe.contact@cnrs.fr.

La formation portera sur les préparations des échantillons pour la microscopie (de la prise en charge de l’échantillon jusqu’à la coupe sur lame) et les méthodes de vérification de la qualité des échantillons préparés en vue de leur quantification par analyse d’image. Les caractéristiques de préparation de différents types d’échantillons seront présentées (tissus durs – os, biopsie, organe entier…) et mises en pratique.

Cours et tables rondes (40 %)

• Préparation des coupes :
  • détails des étapes de préparation des coupes histologiques incluses en paraffine et congelées
  • présentation des diverses colorations, des protocoles, de cas d’écoles et d’erreurs typiques à éviter
• Immuno-marquages :
  • préparations en immuno-histochimie sur coupe (DAB – Red chromogène…)
  • éléments de traitement du signal et d’analyse d’image pour validation de la bonne préparation des échantillons
  • aspects quantitatifs
  • immunofluorescence – multiplexing
• Introduction à la préparation des gros échantillons : spécificités liées aux marquages et à la préparation des gros échantillons pour observation en microscopie

Travaux pratiques (60 %)

• Préparation des échantillons histologiques (mise en œuvre des protocoles présentés)
• Visualisation au microscope des échantillons préparés
• Acquisition et analyse des images dans les meilleures conditions (logiciels gratuits QuPath et ImageJ)

Possibilité de faire les TP, à des fins pédagogiques, sur des échantillons apportés par les participants.

Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et l’Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires (IBGC) co-organisent une formation dédiée au SBF-SEM et son application pour la reconstruction 3D du vivant. 

Tout le workflow, de la préparation des échantillons à l’analyse d’images sera abordé lors de ces 6 demi-journées de formation, avec un focus sur la préparation d’échantillon.

Objectifs de la formation:

• Expliquer les principes fondamentaux du SBF-SEM et décrire les bases théoriques
• Sélectionner et appliquer la méthode de préparation la plus adaptée à l’échantillon et à l’objectif scientifique (cryo-méthodes, fixation chimique conventionnelle, microwave, méthodes d’inclusion)
• Réaliser un montage optimisé sur pin afin de garantir la stabilité et la qualité du signal en acquisition continue
• Configurer et exécuter une acquisition automatisée SBF-SEM
• Traiter, reconstruire, segmenter et visualiser les données volumétriques à l’aide de logiciels connus (tels que FIJI, Webknossos, Microscopy Image Browser…)

Retrouvez plus d’information sur le programme et les modalités d’inscription ici: https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/435/explorer-le-vivant-en-3d-avec-le-serial-block-face-scanning-electron-microscopy-sbf-sem/

Le pôle photonique du Bordeaux Imaging Center organise une nouvelle session de formation dédiée à la visualisation et l’analyse d’image 3D avec le logiciel Imaris.

Cette formation a pour objectif d’acquérir les bases du traitement et de l’analyse d’image microscopie en 3D ainsi que les possibilités du logiciel Imaris.

La session se déroule sur 3 jours et est composée de cours théoriques et d’ateliers pratiques.

Inscrivez-vous ici: https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/293/imaris-visualisation-et-quantification-dimages-3d/

Cette formation est dédiée à l’analyse computationnelle des données de transcriptomique spatiale avec Python.

1er jour – Fondamentaux, transformation et préparation des données

• Matin (Code-Along/Frontal interactif) :
  • Tour d’horizon rapide : techniques image-based vs sequencing-based
  • Workflow général et présentation de l’écosystème scverse (SpatialData, AnnData)
  • Installation et environnement de travail : prise en main des notebooks
• Après-midi (laboratoire guidé) :
  • Chargement des données et contrôle qualité (QC)
  • Prétraitement et filtrage (cellules/gènes)
  • Manipulation des données spatiales : calcul des métriques de base et premières visualisations

2ème jour – Analyse avancée et restitution (projets de groupe)

• Matin (laboratoire/mini-projet) :
  • Répartition en 2 groupes de travail sur 2 jeux de données publiés (ex. tissus sains vs pathologiques, technologies variées)
  • Exploration autonome guidée : clustering spatial et détection de gènes variables
  • Application de méthodes avancées : Intégration ou analyse de voisinage (selon les intérêts)
• Après-midi (finalisation et restitution) :
  • Finalisation de l’analyse et préparation des présentations
  • Session de restitution : chaque groupe présente son workflow et ses résultats aux autres (15-20 min par groupe)
  • Discussion collective, FAQ, ouverture sur les outils complémentaires et bilan de la formation

Prérequis :

• Connaissances de base du langage Python ;
• Connaissances biologiques suffisantes pour comprendre le fonctionnement de la transcriptomique spatiale ;
• Connaissances mathématiques et statistiques

Formateurs :

• ENRIQUEZ Jonathan
• BOUCHET Mathilde
• SARNATARO Sergio

Pour vous inscrire, rendez-vous << ici >>

La plateforme de microscopie du CIML Marseille-Luminy organise une session de formation dédiée à la microscopie confocale, du 30 novembre au 3 décembre 2026. 

Cette formation a pour objectif de faire découvrir les bases de l’imagerie multiplexe par microscopie confocale spectrale, de la préparation d’échantillons à l’analyse d’images.

A travers des cours théoriques et pratiques sous forme de TP, les participants auront pour objectif d’acquérir en mode spectral un panel 10 couleurs sur coupe de tissus et d’analyser les images réalisées.

Pour participer à la formation, s’inscrire sur www.sirene.inserm.fr  et envoyer le questionnaire complété à demat-form.dr-marseille@inserm.fr, avant le 26 octobre 2026.

QUESTIONNAIRE DISPONIBLE ICI