This online course will focus on several key areas including data management of image data using OMERO open source data management solution, cloud-based sharing of image data using next-generation image file format, and image data repositories including Image Data Resource (IDR) and EMPIAR (Electron Microscopy Public Image Archive) as well as new developments within BioImage Archive.
La formation portera sur les préparations des échantillons pour la microscopie (de la prise en charge de l'échantillon jusqu'à la coupe sur lame) et les méthodes de vérification de la qualité des échantillons préparés en vue de leur quantification par analyse d'image. Les caractéristiques de préparation de différents types d'échantillons seront présentées (tissus durs - os -, biopsie, organe entier...) et mises en pratique.
Cours et tables rondes (40 %)
- Préparation des coupes :
. détails des étapes de préparation des coupes histologiques paraffine et congelées
. présentation des diverses colorations, des protocoles, de cas d'écoles et d'erreurs typiques à éviter
- Immuno-marquages :
. préparations en immuno-histochimie sur coupe (DAB - Red chromogène...)
. éléments de traitement du signal et d'analyse d'image pour validation de la bonne préparation des échantillons
. aspects quantitatifs
. immunofluorescence - multiplexing
- Introduction à la préparation des gros échantillons : spécificités liées aux marquages et à la préparation des gros échantillons pour observation en microscopie
Travaux pratiques (60 %)
- Préparation des échantillons histologiques (mise en œuvre des protocoles présentés)
- Visualisation au microscope des échantillons préparés
- Acquisition et analyse des images dans les meilleures conditions (logiciels gratuits QuPath et ImageJ)
Possibilité de faire les TP, à des fins pédagogiques, sur des échantillons apportés par les stagiaires.
EQUIPEMENTS
Microtomes ; cryostat ; automate de coloration ; serial block face ; scanner de lame (fond et fluorescence) ; microscope champ large et confocal ; ordinateurs avec QuPath et ImageJ
Voir le site internet de la plateforme MicroPICell pour une description détaillée des équipements